Narva-Jõesuu suvitajaile alustati pühakoja ehitatamist XIX saj lõpus. Raha koguti annetustena. Kõige heldem annetaja oli Narva toonane linnapea Adolf Hahn. Kiriku ehitamine läks maksma 60 000 rubla.
500-kohaline kivikirik valmis 1903. aastal ning siis loodi ka iseseisev Narva-Jõesuu kogudus. Esimeseks õpetajaks sai Jakob Jalajas. Kirik allus alguses Vaivara kogudusele, seejärel iseseisvus.
Lisaks otsustas 1906. a. eestseisus ehitada vana palvemaja platsi peale, aadressile Koidu 19, uue palvemaja ja koolimaja, mis valmis 1907. a. Narva-Jõesuu Kooliseltsi ettepanekul võttis selts koolimaja rendile.
Viimane koosolek peeti protokolliraamatu järgi 14. jaanuaril 1947. a. Koguduses oli siis 70 liiget, kellest 1946. aasta liikmemaksu oli tasunud 36. Sõjakahjud ei olnud väga suured ja kirikuhoone elas sõjakoledused üle. Kahjuks kirik purustati 1954. aastal, kivid kasutati muude hoonete ehitamiseks.
Kogudus tegevus oli peatunud. Maja Koidu 19 oli kasutusel koolimajana, hiljem alevinõukogu hoone ja polikliinikuna.
Koguduse tegevus taastati 1992. aastal, diakon Ralf Alasoo pidas Narva-Jõesuus jõulujumalateenistuse. 20. aprillil 1993 kinnitati kirikukogu otsusega Narva-Jõesuu kogudus taastatuks.
1993. aastal tagastati kogudusele maja Koidu 19 ja maja Aia 51 ning koguduse krundid. Majas aadressil Koidu tn.19 tehti annetuste toel osades ruumides remont, et kogudus saaks tööle hakata. Annetuste toel remonditi ka maja katus ja välisfassaad, vahetati aknad ja uksed.
2003. aastal, kui koguduse 100. aastapäeva tähistati, avati paigas, kus kunagi kõrgus uhke 500-kohaline kivikirik, mälestuskivi selle koha tähistamiseks. Hetkel loodab kogudus taastada kirikuhoone oma vanas asupaigas, kuid väiksemal kujul.
Kogudusel on sõpruskogudused Saksamaal ja Soomes. Kogudusel on 27 liiget.
Koguduse juhtorganiks on nõukogu ja tegevust juhib juhatus.
Koguduse maja täieliku remondi korral saab elavdada koguduse tegevust ning võimaldada linnaelanikele ja turistidele täiendavaid teenuseid.